仓鼠垫料主要是用来清洁、保暖和除臭的。通过使用垫料可以更好地吸收仓鼠的尿液达到清洁的效果，避免污染生活环境；仓鼠的毛比较短，对温度很敏感，会比较怕冷，用蓬松的垫料能帮它保暖和调节体温；垫料还可以吸收仓鼠排泄物的臭味，以祛除难闻的气味。
仓鼠用木屑还是纸棉都可以，这个要看个人的想法。木屑可以反复使用，而纸棉的吸附效果会更好，却不能反复使用，木屑会比纸棉更经济一些，条件状况好的可以选择使用纸棉。
用木屑垫料的效果
木屑可以起到清除或者缓解仓鼠体味的作用。木屑具有较强的吸水作用，可以减少仓鼠所处环境的潮湿现象。
仓鼠是很怕冷的，木屑可以起到保暖作用，可以增加温度使仓鼠不至于出现冻伤的情况。木屑属于最廉价的垫料，是很多养仓鼠的人会选择的一种垫料。
但木屑在夏季防臭效果会差一些。而木屑的膨软感觉会让仓鼠喜欢往木屑的里面钻，一些好动的仓鼠经常会弄得笼子外面到处都是木屑。
用纸棉垫料的效果
纸棉垫料的吸水性和吸味性要比木屑好很多，它的吸水、吸味能力比棉花强，舒适保暖程度又比较接近棉花，保暖的效果也会更好一些，是冬季给仓鼠使用垫料的最佳选择，会比木屑更加的保暖。而纸棉的色彩丰富，垫进去也是非常的好看。
在使用纸棉的时候只需在笼内均匀地铺上一层就可以，方便适用。冬天的时候可以适当地多铺一点，春夏可薄薄地铺一层即可。
纸棉虽好却需要勤换，1-2天之内就必须更换掉部分被尿湿的纸棉，1周不但要清洗笼子，也必须至少更换一次所有纸棉，夏天的时候还要增加更换纸棉垫料的频率。
不过，纸棉垫料比木屑贵太多了，大多养仓鼠的人都不会选用纸棉垫料，经济条件比较富裕的才会考虑使用这种垫料。
其它材质的垫料
给仓鼠垫窝的原料可以是无尘的刨花、稻草，也可以根据个人的情况选择猫砂、木粒等一些垫料。
猫砂可以给仓鼠来当垫料，猫砂吸水、吸味性超高，降温效果还好，又易于清理，是一种不错的选择。但猫砂容易被体型较大的胖鼠给压得粉碎，又会因为颗粒较小，很容易被仓鼠吞食。
木粒垫料的粉尘很少，比木屑等同类的其他产品会更健康一些。持久耐用，无需经常更换，吸水、除臭功能也都不错，还不容易粘在仓鼠身上或地上
不过木粒不蓬松，颗粒比较大，既不舒服也不保暖，适合夏天使用和木屑一起搭配使用。
不论给仓鼠选用木屑还是纸棉的垫料，都应该是保证舒适柔软的，也不要有香精或色素等化学添加。最好不要选择棉花或是其它丝状纤维作为窝材，可能会缠住仓鼠的肢体并堵塞颊囊。
在使用木屑或纸棉垫料时都要筛一下粉尘，让它能住在一个卫生、空气清新的生活环境，保持较高的生活质量
